Una reja románica [s. XII] delimita su espacio; desde el que se accede a la sacristía. Atesora un singular retablo sufragado por la familia del obispo Baguer, dato que conocemos gracias al escudo del sotobanco. Para adaptarse al perfil semicircular del ábside románico, las calles se encuentran forzadas en ángulo. En un bancal de hornacinas aveneradas aparecen los grupos de santa Ana y la Virgen, Nacimiento, Epifanía, Visitación y Anunciación. Está advocado al santo penitente, cuyo bulto principal surge entre san Juan Evangelista y san Juan Bautista. En el segundo nivel, un tondo sostenido por ángeles contiene una pequeña imagen de san Miguel. A los lados, san Jorge alancea al dragón y san Martín comparte su capa. El ático incorpora un Calvario entre tritones y la figura de Dios Padre en el frontón. Es un estimable ejemplo del plateresco tardío resuelto por Jorge de Flandes. Este imaginero, afincado en Sangüesa entre 1534 y 1586, incorpora a sus obras elementos romanistas de tradición burgalesa. La policromía es de Pedro de San Pelayo y Antón Claver en 1573.
