En la segunda planta del museo, el recorrido avanza del Renacimiento al Barroco. Las piezas del ámbito renacentista datan del siglo XVI y están dominadas por la pintura sobre tabla dedicada a los santos, con San Miguel Arcángel —uno de los más venerados— pesando las almas el día del Juicio Final en las tablas de Ruesta y Otal.

Durante los siglos XVII y XVIII se despliega el Barroco, con composiciones más elaboradas en las que la luz, el color y el movimiento son protagonistas. Junto a los santos, la Virgen alcanza una enorme importancia tras la Contrarreforma, con temas como la Asunción y la Inmaculada Concepción. Y a caballo entre ambos mundos asoma el manierismo de la enigmática Piedad, hoy en la Sala Capitular.