La tradición museística de nuestra ciudad no es algo relativamente reciente. En el año 1934, Jaca ya había dejado de ser una ciudad eminentemente militar y el turismo comenzaba a asomarse por nuestro territorio como un valor de futuro, y el patrimonio iba a servir como un protagonista ineludible para todo aquel visitante que llegaba a nuestra zona. Va a ser el momento en que las autoridades jaquesas deciden ubicar una primera semilla museística en el monasterio de las Madres Benedictinas que, desde 1555, se ubicaban en la entrada oeste de la calle Mayor. El motivo de tal ubicación iba a ser el poder mostrar uno de los tesoros románicos que celosamente guarda el cenobio de «Las Benitas»: El sarcófago de la Infanta Doña Sancha. Era la primera vez, desde el S.XVII, que podía admirarse tan magna obra del arte románico. En aquel momento fue admirable la puesta en común por parte del obispado, las Madres Benedictinas, el SIPCA (Sindicato de Iniciativa y Propaganda de Aragón), el ayuntamiento de Jaca y ciudadanos a título particular.
Además del ya comentado sarcófago, el museo disponía de varias salas que componían un interesante museo románico, ya atrayente para muchos de los visitantes y estudiosos. En aquellos espacios era posible disfrutar de capiteles procedentes de Santa Cruz de la Serós, tallas de vírgenes o el tímpano de la ermita de Sarsa del S.XII (hoy en el hall del ayuntamiento). Pero avanzando en el siglo XX, debemos acercarnos al año 1963, cuando se crea el Museo de Arte Sacro Diocesano de Jaca, ya en las antiguas dependencias del claustro catedralicio. El gran impulsor de este museo fue d. Jesús de Auricenea Garitacelaia (1928-1975), párroco de Navardún y gran impulsor de restauraciones de iglesias en el Alto Aragón bajo el obispado de d. Ángel Hidalgo. Una serie de hallazgos de pintura mural románica en iglesias de la Diócesis de Jaca, que debido a la despoblación corrían un serio riesgo de desaparición, son arrancadas y llevadas a Barcelona para su restauración bajo la supervisión de Ramón Gudiol, uno de los grandes restauradores y expertos en arranque de pintura mural de nuestro país.
El Museo Diocesano de Jaca que hoy conocemos fue inaugurado el 22 de agosto de 1970, bajo el episcopado de D. Ángel Hidalgo Ibáñez (episc. 1951-1978), como museo de arte sacro medieval, con el doble objetivo de servir de testimonio de fe de las gentes de la diócesis de Jaca y convertirse en foco de cultura del alto Aragón. Para su ubicación se eligió el claustro y dependencias anejas de la catedral de Jaca, dedicada a San Pedro Apóstol, edificio destacado del románico pleno internacional, coetáneo de las grandes construcciones que jalonan las rutas de peregrinación a Santiago de Compostela.
En 1989 se inició una remodelación de las instalaciones que supuso una ampliación de los espacios expositivos y una adecuación de los mismos a las diversas funciones propias de un museo. En esta nueva etapa cabe destacar el papel desempeñado por la Delegación Diocesana del Patrimonio Cultural, con D. Domingo Jesús Lizalde al frente, así como el trabajo desarrollado como director del Museo por D. Miguel A. Lafuente, canónigo penitenciario de la Santa Iglesia Catedral.
En 2003 las obras llevadas a cabo en aplicación del Plan Director obligaron al cierre del Museo y dieron lugar a la elaboración de un nuevo proyecto museístico que, respetando su carácter fundacional, pretende mejorarlo y adaptarlo a las necesidades del siglo XXI. La reapertura, con la que se inicia una nueva etapa del Museo Diocesano de Jaca, tuvo lugar el 9 de febrero de 2010, Año Santo Compostelano.
Pronto este museo de pintura mural románica se convierte en uno de los grandes referentes de este tipo de manifestación artística de nuestro país.